Karpathos non è famosa per il diving quanto le isole della Grecia continentale o di Rodi. E questa è una fortuna: i fondali sono meno frequentati, la visibilità è spesso eccellente e la biodiversità marina è quella di un ecosistema non ancora stressato dal turismo di massa subacqueo.
Le praterie di posidonia oceanica — la pianta marina endemica del Mediterraneo, indicatrice di qualità dell'acqua — coprono ampi tratti del fondale intorno all'isola. La posidonia produce ossigeno, offre rifugio a centinaia di specie ittiche, stabilizza il fondale sabbioso. Le baie dove l'acqua è più pulita — Kyra Panagia, Ahata, Diakoftis — hanno prati di posidonia che si vedono già con la maschera da snorkeling.
Ci sono centri di diving a Pigadia che organizzano uscite giornaliere. I punti di immersione includono formazioni rocciose lungo la costa sud dell'isola, con pareti a picco ricche di gorgonie e spugne. Per lo snorkeling, quasi tutte le spiagge della costa orientale offrono fondali degni di attenzione anche senza scendere oltre i due-tre metri.